现代医学已经证明，慢性腹泻、肠易激综合征（IBS）的发病机制是肠道菌群失调，有益菌尤其是产酪酸菌减少，有害菌增多，肠功能失调和免疫功能紊乱引起的，因此对慢性腹泻、IBS合理的治疗方案是:迅速增加肠道有益菌，特别是酪酸梭菌，恢复肠菌群平衡和免疫平衡，终止炎症。但遗憾的是90%的患者和部分医生错误地选择了盐酸小襞碱（*连素）、吡哌酸（PPA）等抗菌药物进行治疗，结果对肠道菌群雪上加霜，造成了肠道菌群进一步紊乱，病情进一步加重。
对一些医生和患者来讲，临床症状甚至肠粘膜形态学都已经完全恢复正常了，自然认为是痊愈了，可没有想到在免疫和肠神经上仍有损伤，在症状好转后的相当长时间里肠道仍处于敏感状态，遇冷、凉、酒、辣等刺激又会腹泻。此时，正确的治疗方案是在症状好转后，能再服用一段时间的益生菌，对于提高治愈率和预防复发是非常必要的。
慢性腹泻、IBS患者在腹泻症状消失后继续饮酒、吃冷凉食物，结果腹泻再犯，就再吃*连素、PPA，反复发作，多年后患者感到病情越来越重，也感到服用*连素、PPA没有效果了。此时这些药物效果不明显的原因，一是肠内的有害菌逐渐对这些药物形成了耐药性，所以不可能再像开始服下后就几乎把所有有害菌数量减少到零，有害菌得不到有效控制，对肠粘膜的攻击和损伤就不会减轻；二是长期使用*连素、PPA等抗菌药，导致肠道产酪酸菌等有益菌减少，结肠长期处于菌群失调和酪酸缺乏状态。加之有害菌产生的*素、脂多糖等的攻击，使肠免疫功能和肠神经长期处于紊乱的状态。各种炎症因子攻击、损伤肠粘膜，增加了肠粘膜的通透性，造成炎症、溃疡，导致了炎症性肠病的发生。
慢性腹泻、IBS患者还是要从调理肠道菌群平衡，营养修复受损肠粘膜着手，才能得以有效治疗